继续东进葡萄牙人来到印度洋海域之初，活动主要集中在印度西海岸。为了垄断在欧洲的胡椒交易，他们认为有必要把经过红海和波斯湾的航线置于自己的控制之下。但是，胡椒以外的大部分高级香料，诸如沉香、白檀等香木，加上中国的丝绸、瓷器等魅力十足的商品大部分都是从东南亚方面运过来的。
葡萄牙人的眼光越过印度最南端的科摩罗转向东边，只是时间问题。当时，东南亚的国际商贸中心是位于马来半岛的马六甲。据葡萄牙人托梅·皮雷斯（TomePires）的记载，西亚的开罗、麦加和亚丁的摩尔人，波斯人、土耳其人、亚美尼亚人，南亚的古吉拉特人、马拉巴尔人、孟加拉人等，东南亚的柬埔寨人、占婆人、吕宋人、马克人、班达人，东亚的华人、琉球人等亚洲各地的很多商人都造访这座城市，港口里说着84种语言。
马六甲是亚洲之海西半部分的印度洋海域和东半部分的南海海域的商品交汇地，作为等待转换风向的港口，其地理位置的优越性无与伦比。
年，阿尔布克尔克船队有效地利用炮击方式，经过激战后征服了这一贸易中心，赶走了控制该城市的王族，并命令将居住在这座城市里的所有阿拉伯穆斯林商人处死。对于习惯了生活在这个多民族多信仰共存的地方的阿拉伯穆斯林来说，为何唯独自己遭到杀戮，实在难以理解。但对于当时的葡萄牙人来说，阿拉伯穆斯林是和天主教徒对立的恐怖的异教徒，且从试图垄断香料贸易的立场来说，也是必须要抹杀这一种族的。
古吉拉特的穆斯林商人知悉葡萄牙人在印度西海岸的暴力行为之后，放弃了在马六甲的交易活动，并将贸易据点转移到东南亚的其他港口。
自此，马六甲已无法延续之前一家独大的繁荣景象。但在印度东海岸的泰米尔商人和水手的协助之下，葡萄牙人以马六甲为基地，频频造访孟加拉湾各地，并在印度东南地区的普里卡特（Pulicat）、孟加拉湾的吉大港（现属孟加拉国）、缅甸的勃固（Pegu）等地依次设立了据点。另外，葡萄牙人不久之后也将到达更东边的盛产丁香、肉豆蔻等高级香料的班达群岛和马鲁古群岛。越过马来半岛往东，是和印度洋完全不同的一望无际的新海域：南海。沿南海北上经过东海就可到达中国沿海地区、琉球诸岛、朝鲜半岛和日本列岛。本书把欧亚大陆东部的海域统称为东亚海域。
葡萄牙人在把马六甲收入囊中并确保了补给基地之后，与追求丁香等高级香料一样，为了追求高质量的丝绸和瓷器等中国产品，也开始进入这一海域。这其中的来龙去脉以及在葡萄牙海上帝国构建中发挥重要作用的耶稣会，一并放在第三章进行论述。
海上帝国的极限幻影般的香料垄断经营16世纪初叶，在葡萄牙人开始染指印度洋海域贸易活动的时期，非常重视以上四种贸易方法中的第一种，即葡萄牙和印度洋之间的贸易。既然由王室派遣船只，采取这种方法也是理所当然的。但是，当初看上去已经成功的葡萄牙在欧洲对胡椒和香料实施的垄断经营，不久之后也明显被发现没有产生预想中的利润。
在印度洋海域，为了逃避葡萄牙人的限制，贸易商们不断想出各种新方法把商品运到埃及和西亚，优质商品经由威尼斯不断地大量涌入欧洲。威尼斯人即便不下海捕鱼，也能活得十分滋润。实际上，在构成葡属印度领地的锁链上，有一个很大的破绽。位于红海入口处的亚丁始终没有被葡萄牙人收入囊中。在附近没有补给基地的葡萄牙人要想在红海入口张网以待非常困难，当地商人运送香料的船只可轻而易举地摆脱他们的监视。
另外，在现实中，西亚地区也有需求，在这种情况下，就不可能完全拒绝在红海和波斯湾港口卸下香料。比如，若拒绝装满胡椒的船只通关，就会眼睁睁地看着关税流失，这对霍尔木兹负责财务的官员来说恐怕也很难办。上岸后的商品被运送到哪里，自然不在葡萄牙人的管辖范围之内，其去向便不得而知。
为了建设和维护葡萄牙锁链的众多要塞和据点，需要耗费大量的资金，这个问题令葡萄牙王室颇感头疼。对于几乎没有陆地领土的海上帝国来说，建筑材料的筹集和运输也很困难。根据建设场地所处位置的不同，有一些材料需要专门从欧洲不远万里运来。驻守要塞和据点的人员所需的粮食、酬劳，以及弹药武器的补给都需要耗费大量资金。这个锁链的圈画得过于大了。葡萄牙销售胡椒和香料所获得的利润，大多被上述费用所抵消。
因此，到了16世纪中叶，无论是经过葡萄牙还是经由威尼斯，胡椒和香料的价格已相差很小。尽管葡萄牙人做了大量的努力，但垄断香料贸易的野心最终还是化为了泡影。向走私贸易和本地化的倾斜毅然奔赴一个陌生遥远的地方，这需要下相当大的决心，更何况是在四百年前离开生养的故乡葡萄牙，前往遥远的东方异国。他们都是一些什么样的人呢？在抵达印度之前，必须忍受半年以上的各种艰辛，在险象环生的大海上漂泊。
况且，在气候和水土都大不相同的东印度，葡萄牙人的死亡率非常高。可以说，普通人是绝对不会想去那种地方的。在当时的西欧，还不存在观光旅游这一概念，只有商务或者练手艺的工匠以及朝拜之人会走这种远路，外出旅行的人的数量微乎其微。除一部分宣誓绝对效忠国王的贵族和官员以外，奔赴东方的大部分人在葡萄牙都是无业游民、深陷囹圄的犯人，以及梦想一夜暴富的商人。船队更是让死不足惜的犯人充当士兵。
在东印度有幸生还，一定程度上对当地情况比较熟悉的大部分人开始了走私贸易。最初，这是一些冒险家、暴徒以及只顾自身利益的人的混合体。他们在印度的东西海岸、泰国和缅甸沿海地区，以及澳门和长崎等东亚海域的各地建立据点。
他们熟悉当地的商业习惯，和当地商人打成一片，开始一起做生意。这种倾向随着时间的推移越来越强。对于这些人来说，葡属印度和自己没有任何关系，也不是什么重要的事情。来到东印度的葡萄牙人几乎都是男性，女性则凤毛麟角。也正因为如此，他们大多和当地女性结婚生子，诞生了所谓的欧亚混血儿。在正式场合，这些孩子虽然是葡萄牙人的身份，但一直居住在当地又和当地女性结婚生子，要求他们的后代对葡萄牙国王效忠几乎是不可能的事。
因此，要维持葡属印度的正常运转，需要从本国持续投入大量人力。但是，从王室财政、本国人口构成上来看，这并不是一件简单的事情。而且，要强制居住在当地的人们一直保持葡萄牙人的身份也非常困难。随着时间的推移，印度属地内部已经出现空洞化的现象，在亚洲之海的葡萄牙人几近无政府状态，大都在进行走私贸易活动。
